Séquençage de génome SARS-CoV-2

Informations générales

Examen

But de l'analyse	Amplification du génome SARS-CoV-2 à partir d’échantillons cliniques et séquençage NGS pour la détermination de la séquence génétique du virus. Les séquences peuvent être utilisées pour assigner des lignées ou pour estimer de la proximité génétique entre deux ou plusieurs échantillons, basé sur la présence de variants (SNVs/indels).Exemples d’indications :- Investigation de potentielles transmissions entre les patients- Surveillance épidémiologique, y compris pour des infections post-vaccination et/ou des réinfectionsAnalyse également réalisée dans le cadre de la surveillance nationale et hospitalière.
Indication diagnostique	Justifications cliniques demandées idéalement par contact téléphonique au 44107.
Renseignement téléphonique	021 31 44 107
Horaire de réalisation	Heures ouvrables du laboratoire
Fréquence d'exécution	1x/semaine
Analyse accréditée	OUI
Spécialité	Microbiologique Génomique
Synonyme	SARS-CoV-2, COVID, Coronavirus SARS-CoV-2

Prescription

Formulaire de demande

Numéro de commande 743200 Lien 151 - IMU - Examens microbiologiques

Pré analytique

Prélèvement

Instruction(s) particulière(s)

Echantillon positif pour SARS-CoV-2 (le résultat de la PCR doit être <= 32 cycles)

Matériel standard

Quantité	1
Contenant	UTM RT (bouchon rouge Copan) avec écouvillon inclus N° commande : 917995
Contenant(s) autre(s)	Ou autre milieu de transport équivalent au UTM RT

Stabilité maximale avant envoi

Réfrigéré

2 - 8 °C

Acheminement

Conditions d'acheminement Dans une pochette kangourou, séparer l'échantillon du bon de demande. Faire acheminer par porteur les échantillons précieux ou urgents

Dépose des prélèvements Réception des laboratoires Site BH18-100 Adresse Bugnon 46 1011 Lausanne Pneumatique 439 Horaire d'ouverture de la réception Lundi -> vendredi : 6h30 à 18h30 Samedi, dimanche et jours fériés : 6h30 à 14h00 Téléphone 021 31 44 280 Astreinte En dehors de ces heures, réception 24/24H  par le personnel de garde des laboratoires LCC-LCH Site web Réception des laboratoires

Analytique

Prestataire

Prestataire Laboratoire de génomique et métagénomique (microbiologie) Site BH18-100 Adresse Bugnon 46 1011 Lausanne Tube pneumatique 439 Horaire d'ouverture du laboratoire Lundi -> vendredi : 8h00 à 17h00 Téléphone 021 314 41 07 Site web Microbio génomique et métagénomique

Résultats

Délai de rendu

1-2 semaines

Méthode analytique

Principe de la méthode

Séquençage haut-débit (Whole genome)

Post analytique

Tarif

Tarif (CHF)

177.3